In het UZ Leuven gebruiken we een standaardmethode, genaamd Sanger sequencing, om te kijken of het HIV-virus resistent is tegen medicijnen en om te bepalen welk type HIV iemand heeft. Deze methode werkt goed, maar heeft ook beperkingen. Ze bekijkt niet het volledige genetisch materiaal van het virus, waardoor we soms belangrijke informatie missen. Bijvoorbeeld veranderingen (mutaties) die te maken hebben met nieuwe medicijnen die het virus proberen te stoppen bij het aanhechten aan cellen of bij het rijpingsproces. Ook is het moeilijk om zeldzame varianten van het virus op te sporen met deze methode.
Doelstellingen:
Met dit onderzoek willen we een nieuwe en betere methode ontwikkelen: next-generation sequencing (NGS). Deze techniek laat ons toe om bijna het volledige HIV-genetisch materiaal te bekijken. We gaan dit doen op twee manieren:
- via het vrije virus in het bloed (RNA)
- via het virus in de geïnfecteerde cellen (DNA)
De DNA aanpak wordt steeds belangrijker, vooral bij mensen die van behandeling veranderen terwijl er geen meetbare hoeveelheid virus in hun bloed is. Bijvoorbeeld als ze wisselen van medicatie door bijwerkingen, interacties met andere medicijnen, of om het schema eenvoudiger te maken.
Daarnaast kan deze nieuwe methode ons helpen om:
- beter te begrijpen hoe HIV zich verspreidt in de samenleving
- recente infecties beter te herkennen
In deze studie gaan we dus:
- een nieuwe laboratoriumtest ontwikkelen en verbeteren die bijna het volledige HIV-genoom kan analyseren
- twee technologieën vergelijken om genetische informatie uit te lezen: Illumina en Oxford Nanopore Technologies
- verschillende computerprogramma’s testen om de gegevens te analyseren en te bepalen welke werkwijze het beste is