Wat is DNA-amplificatie?

DNA-amplificatie is een techniek om een bepaald DNA-segment specifiek te kopiëren in een reageerbuis. Hierbij wordt door opwarming van de DNA-oplossing de dubbelstrengige DNA-molecule gedenatureerd met vorming van enkelstrengige DNA-moleculen. Vervolgens wordt door afkoeling van de DNA-oplossing de mogelijkheid geboden om korte DNA-sequenties 20 tot 30 nucleotiden) te laten binden links en rechts van het te onderzoeken DNA-segment. Ten slotte zal een thermostabiel enzym (DNA-polymerase geïsoleerd uit de bacterie Thermus aquaticus) binden en de enkelstrengige DNA-molecule weer opvullen met nucleotiden met vorming van terug een dubbelstrengige DNA-molecule. Dit proces kan verscheidene malen herhaald worden waarbij na elke cycli telkens een verdubbeling optreedt van het specifieke DNA-segment zodat men spreekt van een exponentiële reactie. Gewoonlijk worden 28 tot 32 cycli uitgevoerd waarna men over meer dan 100.000.000 kopijen beschikt voor verdere DNA-analyse. Deze techniek van DNA-amplificatie wordt ook PCR of Polymerase Chain Reaction genoemd. Hij werd uitgevonden door de Amerikaan Kary Mullis in 1985 waarvoor hij ook de Nobelprijs voor scheikunde kreeg in 1993.

Wat is een "allel"?

Een allel is een genetische term voor één bepaalde vorm of variant van een gen of genetische merker. Voor het genetisch identificatie onderzoek wordt gebruik gemaakt van genetische merkers die een groot aantal varianten (of allelen) vertonen in een populatie.

Frequentie van de verschillende allelen voor de DNA-merker THO1 in een Belgische, Afrikaanse en Chinese populatie.

Wat is een "genotype"?

Een genotype is de combinatie van 2 allelen. Men spreekt van een homozygoot genotype wanneer de 2 allelen identiek zijn, en van een heterozygoot genotype wanneer de allelen verschillend zijn.

Wat is een DNA-profiel?

Een DNA-profiel is het gecombineerd resultaat van de analyse van verschillende genetische merkers of loci. Het is een combinatie van genotypes die voor de verschillende DNA-merkers werd bekomen.

Wat is een STR?

Een STR of "Short Tandem Repeat" is opgebouwd uit korte stukjes sequentie bestaande uit 2 tot 7 bouwstenen of basen die een aantal malen in tandem gerepeteerd worden. Elk allel bevat een aantal repeats en het verschil in lengte tussen 2 allelen kan gevisualiseerd worden door electroforese waarbij de allelen gerangschikt worden volgens lengte. De allelen worden benoemd volgens het aantal repeats dat er in het DNA-fragment aanwezig zijn. Tijdens de DNA-amplificatie kunnen verscheidene STRs simultaan worden geamplificeerd wanneer ze een verschil in lengte vertonen, en wanneer een verschillende fluorescerende molecule wordt ingebouwd.

Schematische voorstelling van de analyse van Short Tandem Repeats (STRs).

Wat wordt bedoeld met de "Anderson of Cambridge Reference Sequence"?

De "Anderson" sequentie is de eerste publicatie van de volledige DNA-sequentie van het humaan mitochondriaal DNA. "Anderson" was de eerste auteur van deze publicatie die in het wetenschappelijk tijdschrift Nature werd gepubliceerd: Anderson S., Bankier A.T., Barrell B.G., de Bruijn M.H., Coulson A.R., Drouin J., Eperon I.C., Nierlich D.P., Roe B.A., Sanger F., Schreier P.H., Smith A.J., Staden R. and Young I.G. Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature 1981; 290:457-65. Men spreekt ook van de "Cambridge Reference Sequence" gezien het laboratorium van de auteurs van de publicatie gevestigd is aan de Universiteit van Cambridge in Engeland. Deze sequentie wordt als standaard gebruikt voor vergelijking met de sequenties van het mitochondriaal DNA bepaald op biologisch materiaal. In plaats van een volledig bepaalde sequentie te vermelden in het verslag noteert men enkel deze posities in de sequentie waarbij een verschil met de "Anderson" sequentie werd vastgesteld.