Ondanks verbeteringen in de genetische diagnostiek en onderzoeksmogelijkheden voor zeldzame ziekten (Rare Diseases (RD)) blijft de genetische basis onduidelijk voor minstens één derde van de patiënten met een vermoedelijke genetische aandoening. In gezondheidszorgsystemen waar exoom- of genoomsequencing de standaardzorg wordt, varieert de diagnostische opbrengst tussen 20-70% afhankelijk van het type aandoening (bv. verstandelijke beperking, skeletafwijkingen, stofwisselingsziekten, …), inclusiecriteria voor genetische diagnostiek, sequencingstrategie en analysestandaarden, waardoor veel patiënten zonder diagnose blijven. Hoewel is aangetoond dat heranalyse van genoomgegevens op zich de diagnostische opbrengst kan verhogen, wordt dit bij gebrek aan richtlijnen voor heranalyse niet routinematig uitgevoerd vanwege de benodigde tijd, de noodzakelijke multidisciplinaire expertise en de bijbehorende kosten.
European Rare Diseases Research Alliance (ERDERA) is een groot Europees project dat het fundamenteel wetenschappelijk en klinisch onderzoek naar zeldzame ziekten wil ondersteunen, en tegelijk de vroege diagnose van patiënten en de ontwikkeling van behandelingen wil bevorderen. Het project is gericht op internationale samenwerking, wat belangrijk is in dit domein: er zijn meer dan 6.000 zeldzame ziekten, elk ervan is – per definitie - zeldzaam, maar alles tezamen gaat het om 30 miljoen mensen in Europa. In België leven naar schatting 400.000 tot 600.000 mensen met een zeldzame ziekte, waarvan dus een groot aantal zonder precieze diagnose.
Het centrum menselijke erfelijkheid (KU Leuven/UZ Leuven) is een van de 180 partners in ERDERA. We werken mee aan de doelstelling om het aantal patiënten met een bevestigde diagnose te verhogen door het toepassen van de nieuwe diagnostische technologieën en het delen van genetische gegevens.
Bioinformatici en laboratoriumexperten van de deelnemende onderzoekscentra verenigen zich om innovatieve methoden te ontwikkelen voor de interpretatie van genetische varianten, waardoor een uniform en systematisch analytisch kader ontstaat voor alle individuen met een zeldzame ziekte. De analyse wordt gebouwd op een gedeelde infrastructuur, zoals de RD-Connect GPAP en de EGA, die met Europese steun werd opgezet. Om de diagnose te versnellen worden de genomische en medische gegevens uitgewisseld tussen de deelnemende partners, uiteraard met respect voor de privacy van de patiënten.
Om deze methoden voor interpretatie van genetische varianten te implementeren in meerdere Europese RD-centra, moet worden overgestapt op een gefedereerd systeem omwille van schaalbaarheid en duurzaamheid. Gefedereerd betekent dat de deelnemende organisaties hun data beschikbaar willen stellen voor analyse, maar dat de data zelf niet worden uitgewisseld. De analyse vindt dus niet plaats bij de gebruiker van de data, maar bij de datahouder zelf. Federatieve analyse is daarmee het uitvoeren van een analyse op data die je zelf niet in je bezit hebt. De genetische en klinische gegevens blijven bij het ziekenhuis waar die gegevens zijn gegenereerd en de datagebruiker ontvangt alleen de resultaten van de analyse en niet de data zelf. Dit is de manier om gegevens te analyseren zonder de rechten van de patiënten te schenden.
Hoewel het noodzakelijk is voor heranalyse om zo snel mogelijk over te stappen van een gedistribueerd model (versturen van data naar een datagebruiker) naar een gefedereerd model (data blijft bij de datahouder), zijn er verschillende uitdagingen die nauwe multidisciplinaire samenwerking en innovatie vereisen.
Doelen
Binnen deze samenwerking zullen we gebruik maken van de nieuwste pijplijnen voor onderzoek van genomische gegevens die ontwikkeld werden door onze partners. Tegelijk stellen we onze expertise ter beschikking. We werken ook aan de overgang van een gedistribueerde naar een gefedereerde infrastructuur binnen Europa voor de analyse van genomische gegevens.
Het hoofddoel is het opzetten van een diagnostische onderzoekspijplijn om bestaande genomische gegevens van patiënten, die tot nu zonder diagnose zijn gebleven, opnieuw te analyseren om de diagnostische opbrengst te verhogen en de tijd tot diagnose te verkorten.
We zullen ook een leidende rol spelen in het uitwerken van internationale richtlijnen voor de heranalyse van genomische gegevens. Op die manier dragen we bij aan de kwaliteit en standaardisatie van de genetische en genomische diagnostiek.
Meer weten
Surf naar de website van European Rare Diseases Research Alliance (ERDERA)